除了许多其它重要的生理过程之外，还有一些非常吸引人的研究将肠道菌群与昼夜节律以及调节睡眠-觉醒周期的24小时生物节律联系在一起。越来越多的研究表明，肠道中巨大而多样的微生物生态系统有着自己的日常节律。这些微生物的节律似乎与昼夜节律密切相关，研究表明，昼夜节律和微生物节律都能对健康和睡眠产生影响和干扰。
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